A székely-magyar rovásírás (Sándor Klára alapján a székely írás) eredetének legalább három elmélete ismert.
a) A tudományos körökben leginkább elfogadott vélekedés szerint a székely írás vélhetőleg a nyugati törökség írásával van kapcsolatban. A székely ábécé valójában több szakaszban alakult ki, alaprétege valószínűleg a nyugati török írások családjába tartozik a Kazár Birodalom és a dunai bolgárok területein talált, illetve az avaroktól származó feliratok többféle írásával együtt, az emlékekből ismert jelkészlete legkorábban a 13. században születhetett. A közelebbi kapcsolatok egyelőre tisztázatlanok, mert a fentebb említett ábécéket egyelőre nem sikerült megfejteni. (Sándor, 2013)
„Korábban, az orchoni feliratok jeleinek megfejése után többen is kapcsolatba hozták a székely írást az orchonival (Németh, Ligeti), de a nyugati ótörök emlékek ismertté válása után az a nézet vált általánossá, hogy a székely írás elődjét a nyugati törökség írásai között kell keresnünk” (Sándor, 2014:29)
b) Horváth Iván szerint (http://www.villanyspenot.hu/?p=szoveg&n=12353) a ma ismert székely rovásírást a humanisták találták ki Mátyás udvarában. A humanisták – a krónikák alapján – úgy vélték, hogy a magyaroknak korábban volt saját írásuk, de ez elveszett, így rekonstruálták.
Horváth szerint a legkorábbi ránk maradt székely ábécé a magyar nyelv 15-16. századi helyzetét tükrözi. A székely rovásírás humanista korú eredetére utal szerinte az is, hogy „már jelöli azokat a fonémákat, amelyek az ősmagyar korban még nem alakultak ki, vagy nem terjedtek el. Ilyen a gy, ny, ty és a zs. Nincs külön graféma viszont a gy ősmagyar előzményére (dzsj). A magánhangzó-jelölést ugyanúgy egy-egy jellel oldja meg, mint az a 15. századi mellékjeles, úgynevezett „huszita” helyesírás óta napjainkig szokás, nem pedig analitikusan, miként a korábbi „kancelláriai” rendszer tette.” (Horváth, 2007)
A humanista eredetre utal szerinte az is, hogy az az ábécé, melyet ma székely rovásírásként ismerünk, csak a humanisták korában bukkant fel. A korábbi leleteket ezek segítségével nem tudjuk elolvasni.
c) A harmadik kategóriába több, gyakran egymásnak is ellentmondó elmélet tartozik, amelyek a székely rovásírás meglehetősen szélsőséges kifejlődési pályáját próbálják népszerűsíteni: az írás eredetét a föníciainál is korábbra datálják, vagy attól teljesen függetlennek tarják. Ez utóbbi elméletek a tudományosság legalapvetőbb elvárásainak is hiányában vannak.
Általában kétnyelvű feliratok vagy kellően hosszú és legalább részben ismert tartalmú szövegek szükségesek egy nyelv vagy egy írás megfejtéséhez.
Azokat az elméleteket, amelyek több ezer éves, szövegkörnyezet nélküli jelek jelentéséről szólnak, nem lehet sem igazolni, sem cáfolni, így érdemben vitázni sem lehet róluk. Ezek az elméletek találhatóak meg például a http://www.rovasirasforrai.hu, www.rovasoldal.eoldal.hu, http://rovasiras.aries.hu/ … stb. honlapokon.
Ezek mellett napjainkban gyakran találkozni a rovásírás ma használt változatával, melynek sem a székely rovásírás eredeti változatához, sem a Forrai-féle rovásíráshoz nincs köze. Ez tulajdonképpen egy transzliterált változata a latin betűs írásunknak, azaz a mai magyar szóelemző helyesírás más betűkkel és az írás irányának a megváltoztatásával. Tulajdonképpen egyfajta ártatlan játék mindaddig, amíg nem fűződik hozzá ideológia, kitalált történelem, politika vagy kirekesztése azoknak, akik ezt nem ismerik vagy nem akarják ismerni. De ennek semmi köze nincs a tudományhoz.
A kutatók nagy része elutasítja mind a harmadik, mind a második (Horváth Iván) elméletet. Horváth Iván véleményét Sándor Klára azzal cáfolja, hogy egyrészt egyes betűk a glagolita, esetleg a cirill ábécéből származnak, s ez aligha lehetett humanista ötlet, másrészt a betűknek van egy rétege (sz, n, s jele), mely a keleti (belső-ázsiai) török ábécékkel hozható összefüggésbe, ezeket a humanisták nem ismerhették. Legfontosabb érve Sándor Klárának a „humanista koholmány” ellen azonban az, hogy rendelkezünk olyan emlékekkel a 13-14. század fordulójáról, melyek biztosan a székely- magyar rovásírás emlékei (homoródkarácsonyfalvi, vargyasi feliratok):
„ … a székely írás 13-14. századi emlékei bizonyítják, hogy a székely írás nem a humanisták találmánya, de tény, hogy Mátyás király udvarában vált divattá. Házi történetírója, Thuróczy János két, korábban össze nem függő motívumot kovácsolt eggyé: hogy a székelyek a hunoktól származnak, illetve hogy saját írásuk van. Később a székely írás identitásjelölővé és kuriózummá vált.” (http://www.nyest.hu/hirek/se-nem-magyar-se-nem-rovasiras)