1. A szabályozóelemek evolúciója megengedi a toolkit gének pleiotrópiáját
2. létrejöhet a fejlődés moduláris természete
3. gazdag és folyamatos forrása a variációnak
4. innovációkat hozhat létre
5. sokkal kevesebb molekuláris szintű kötöttséggel bír, potenciálisan gyorsabb, mint az eddig favorizált „fehérje alapú” evolúció (pl. nem kell a kötőhelyeknek frémben lenniük, de novo is zajlik, koevolúcióval „hozzáidomul” a fehérjéhez, bár ez kölcsönös) (5. ábra)
ÉSSZERŰ EXTRAPOLÁLNI, HOGY A FAJON BELÜLI ÉS FAJOK KÖZÖTTI, A DIVERGENCIA ALAPJÁUL SZOLGÁLÓ VARIÁCIÓ FELELŐS AZÉRT A NAGYOBB SKÁLÁJÚ EVOLÚCIÓÉRT, AMIT A MAGASABB TAXONOKNÁL MEGFIGYELHETTÜNK