A Drosophila melanogastert is magában foglaló Drosophilinae alcsaládban a pigmentációs mintázatok széles spektruma jelenik meg. Általában világosabb és sötétebb mintázati elemek egyaránt megjelenhetnek a toron, potrohon, sőt, esetenként a szárnyakon. A pigmentáció sejtbiológiája nagyon eltérő a gerincesekben és a Drosophilában, de pigmentjeik kémiája nagyobbrészt hasonló: a fekete szín a dopamelanin, a barna a dopamin-melanin polimerizációjával jön létre. Más árnyalatok a dopa kémiai módosulásával jönnek létre.

A pigmentációs mintázatokat transzkripciós faktorok egész sora szabályozza a pigmentációt befolyásoló útvonalak enzimatikus komponenseinek regulációjával.

Miután a cisz-regulátorok általában modulos szerkezetűek, akár egyes testrészekben külön.külön is változhat a szín.

Egy pigmentációs gén moduláris cisz-regulátor eleme és a Drosophilák evolúciója

Ayellow gén terméke segíti a melanin kialakulását, kifejeződési szintje és mintázata korrelál a sötét pigmentációval. A test különböző részeiben való kifejeződését különböző cisz-regulátor elemek szabályozzák, a fajok közötti különbségek ezek evolúciója miatt alakulnak ki.

A „test” enhancer divergált a D. melanogaster és a sötétebben pigmentált D. subobscura és D. virilis között

A sötétebb testszín nem mindig a Yellow fehérjével kapcsolatos. Az ebony gén terméke gátolja a melanin kialakulását Drosophila melanogasterben. D. novomexicana és D. americana különbségeit az ebony fehérje szintje, és, hibridizációs-visszakeresztezési kísérletek alapján, több más gén befolyásolja. A szabályozó elemeket átvíve más fajba (transzgenikus technikákkal) bizonyítható azok szerepe.

A PIGMENTÁCIÓRA BIZTOSAN TÖBB GÉN HAT, DE EGYES GÉNEK HATÁSA DÖNTŐ LEHET